System kontroli wewnętrznej obejmuje wszystkie komórki organizacyjne Banku i jest dostosowany do charakteru i profilu ryzyka i skali działalności Banku. Zarząd Banku odpowiada za zaprojektowanie, wprowadzenie oraz zapewnienie we wszystkich komórkach/stanowiskach organizacyjnych Banku, funkcjonowanie adekwatnego i skutecznego systemu kontroli wewnętrznej, który obejmuje funkcję kontroli.
Rada Nadzorcza sprawuje nadzór nad wprowadzeniem i zapewnieniem funkcjonowania adekwatnego systemu kontroli wewnętrznej oraz odpowiedzialna jest za monitorowanie jego skuteczności.
Funkcjonujący w Banku system zarządzania ryzykiem i system kontroli wewnętrznej są zorganizowane na trzech, niezależnych i wzajemnie uzupełniających się liniach obrony (poziomach). Na pierwszą linię obrony składa się operacyjne zarządzanie ryzykiem, powstałym w związku z działalnością prowadzoną przez Bank. Komórki pierwszej linii obrony odpowiedzialne są za projektowanie i zapewnienie przestrzegania mechanizmów kontrolnych, w szczególności w procesach biznesowych funkcjonujących w Banku oraz zgodności postępowania z regulacjami.
Na drugą linię obrony składa się: zarządzanie ryzykiem przez pracowników na specjalnie powołanych do tego stanowiskach lub w komórkach organizacyjnych, niezależnie od operacyjnego zarządzania ryzykiem na pierwszym poziomie, tj. Zespół analiz i ryzyka bankowego, Zespół analiz kredytowych i monitoringu, Główny Księgowy, Główny Specjalista w Zespole finansowo-księgowym, Komórka ds. zgodności. Druga linia obrony odpowiedzialna jest m.in. za monitorowanie bieżące przyjętych mechanizmów kontrolnych, przeprowadzanie pionowych testów mechanizmów kontrolnych, ocenę adekwatności i skuteczności mechanizmów kontrolnych, matryce funkcji kontroli, prowadzenie rejestru nieprawidłowości znaczących i krytycznych oraz raportowanie o tych nieprawidłowościach.
Trzecią linię obrony stanowi audyt wewnętrzny realizowany przez Spółdzielczy System Ochrony SGB. Audyt wewnętrzny odpowiedzialny jest za badanie oraz ocenę adekwatności i skuteczności mechanizmów kontroli i niezależnego monitorowania ich przestrzegania odpowiednio w ramach pierwszej i drugiej linii obrony, zarówno w odniesieniu do systemu zarządzania ryzykiem, jak i systemu kontroli wewnętrznej.